Rikkakasvien torjunta-aineet vaikuttavat häiritsemällä rikkakasvien fysiologisia ja biokemiallisia prosesseja kemiallisten aineiden kautta, mikä johtaa niiden kuolemaan tai kasvun estymiseen. Rikkakasvien torjunta-aineiden vaikutusmekanismit ovat erilaisia, mukaan lukien pääasiassa seuraavat:
1. Häiritseminen fotosynteesiin: Esimerkiksi triatsiinirikkakasvien torjunta-aineet estävät fotosynteettisen elektronien kuljetusketjun aiheuttaen rikkakasvien kuoleman, koska ne eivät pysty syntetisoimaan energiaa;
2. Aminohapposynteesin estäminen: Esimerkiksi glyfosaatti inhiboi EPSP-syntaasia ja estää aromaattisten aminohappojen synteesin;
3. Solunjakautumisen häiriintyminen: Esimerkiksi dinitroaniliiniherbisidit estävät mikrotubulusten muodostumista ja estävät solun jakautumisen;
4. Kasvihormonien matkiminen: Esimerkiksi 2,4{4}}D ylistimuloi kasvua, mikä johtaa epämuodostuneisiin ja kuolleisiin rikkaruohoihin. Rikkakasvien torjunta-aineiden selektiivisyys riippuu viljelykasvien ja rikkakasvien välisistä metabolisista eroista; ei-selektiivisillä rikkakasvien torjunta-aineilla on tappava vaikutus kaikkiin kasveihin.
