Kemikaalina desinfiointiaineet vaativat erityistä huomiota varastointipaikassaan. Yleensä desinfiointiaineet tulee säilyttää hyvin tuuletetussa, kuivassa paikassa, suojassa suoralta auringonvalolta ja lasten ulottuvilta, kuten viileässä ja kuivassa paikassa, kuten varastohuoneessa, kaapissa tai laatikossa. Lisäksi ne tulee pitää poissa ruoasta ja juomista, jotta ne eivät joutuisi vahingossa nielemään tai väärinkäyttöön. Jos desinfiointiaine on nestemäistä, se on säilytettävä suljetussa astiassa vuotojen estämiseksi. Säilytyksen aikana se on säilytettävä erillään muista kemikaaleista onnettomuuksien välttämiseksi.
