Desinfiointiaineiden varastointi vaatii huomiota useisiin seikkoihin. Ensinnäkin desinfiointiaineet tulee säilyttää kuivassa, viileässä ja hyvin{1}}ilmatussa paikassa. Korkeat lämpötilat ja kosteus voivat aiheuttaa desinfiointiaineiden hajoamista tai huonontumista, mikä heikentää niiden suorituskykyä. Korkeissa lämpötiloissa jotkin desinfiointiaineen komponentit voivat joutua kemiallisiin reaktioihin, mikä heikentää merkittävästi sen bakterisidistä vaikutusta; kun taas kosteus voi saada desinfiointiaineen imemään kosteutta, mikä vaikuttaa sen vakauteen ja tehokkuuteen. Toiseksi, suoraa auringonvaloa tulee välttää. Ultraviolettisäteet auringonvalossa voivat vahingoittaa desinfiointiaineen komponentteja ja nopeuttaa sen pilaantumista. Samalla tulee noudattaa desinfiointiaineiden säilytysvaatimuksia, kiinnittäen huomiota viimeiseen käyttöpäivään ja välttäen vanhentuneiden desinfiointiaineiden käyttöä. Vanhentuneet desinfiointiaineet ovat saattaneet muuttua toiminnassaan, eivätkä ne ole saavuttaneet odotettua bakterisidistä vaikutusta, ja niillä voi olla jopa haitallisia vaikutuksia järjestelmään. Lisäksi joidenkin erityisominaisuuksien omaavien desinfiointiaineiden, kuten syttyvien, räjähtävien tai myrkyllisten desinfiointiaineiden osalta vaaditaan erityisiä varastointitoimenpiteitä varastoympäristön turvallisuuden varmistamiseksi ja onnettomuuksien ehkäisemiseksi. Varastoinnin aikana desinfiointiaineet tulee myös säilyttää erillään muista tavaroista, jotta vältetään keskinäinen häiriö.
